Но из этого нужно делать корректные выводы. Во-первых, общая недостаточная прозрачность научной теории не означает, что нам не следует пытаться изучить ее структуру более детально. Напротив, это стимулирует исследователей к изучению и обнаружению действительного богатства ее содержания, всей сложности и сплетения ее взаимосвязей. Во-вторых, неполнота формально-логического (или дедуктивного) образа научной теории не означает, что средства логического анализа здесь вообще неприменимы. Скорее наоборот, столкновение с трудностями привело к существенному обогащению логического арсенала, к разработке и применению новых подходов — использованию модальной логики, введению в логику прагматических факторов и многого другого. Общий же вывод состоит в том, что научная теория представляет собой сложное образование. Так, в методологической литературе говорится о полисистемности и полиструктурности научной теории. Включенные в теорию концептуальные объекты объединены между собой массой различных взаимосвязей.
В целом следует говорить не о линейной соподчиненности ее объектов, а об определенной теоретической «сети» взаимных отношений. Так, сам процесс перехода от ядра теории к ее приложениям не сводим к дедуктивному; он включает в себя содержательно-конструктивные моменты (что особенно подчеркивается в работах B.C. Степина), связанные с построением вспомогательных теорий, с введением дополнительных предположений, конструированием частных моделей, проведением мысленных экспериментов и т.п.
Итак, научная теория — сложное концептуальное образование. Она в общем случае не может быть представлена в виде универсальной для всех наук логической конструкции. Ее состав обширен, не все в ее контексте выражено в явном виде. В составе научной теории можно выделить основание (предпосылочный контекст), ядро (совокупность основных утверждений), приложения (конкретизирующий контекст). Концептуальные объекты, включенные в нее, связаны между собой множеством разнообразных логических и содержательных взаимосвязей.