Научно-исследовательская программа функционирует в научном познании как структурирующее начало. Предметная область, которая состоит из исследовательских программ, является «зрелой», в отличие от той «незрелой» области, где деятельность осуществляется по незамысловатому принципу проб и ошибок. Научно-исследовательская программа представляет собой именно осознанное делание науки, когда исследователь знает, что он делает и для чего он делает, а не просто слепое движение наудачу. Ядро программы, как и ядро теории, о котором шла речь в предыдущем параграфе, представляет собой основное теоретическое содержание данного концептуального образования. Ядро программы является в некотором роде неопровержимым: его логический статус состоит в том, что ядро принимается по соглашению, т.е. конвенционально. Это означает, что те, кто разделяет установки данной программы, соглашаются с ее основными положениями и опираются на них в своих дальнейших изысканиях. Программа определяет и то, чем конкретно занимается ученый в своих поисках: он не просто случайно выбирает, что исследовать, а сама программа задает ему определенную расстановку проблем. Основные разработки, как правило, относятся к благополучной области программы, в которой она неплохо подтверждается; в этих изысканиях производит обогащение и совершенствование теоретического материала.
Кроме того, существенная часть работы сторонников программы может быть направлена и на ее защиту от конкурирующих концепций: они выдвигают контрдоводы, проектируют новые эксперименты в подтверждение исходной программы, а некоторые неудобные факты и критические замечания могут ими попросту игнорироваться. Иными словами, научно-исследовательская программа обладает как бы иммунитетом, запасом прочности против попыток ее опровержения. Как же определить, какая из конкурирующих программ лучше, т.е. развивается более успешно? Объективным критерием с точки зрения И. Ла-катоса является способность программы справляться с эмпирическими данными (т.е. объяснять их и предсказывать новые). В общем случае такая оценка оказывается не абсолютной, а сравнительной; она касается ситуации конкуренции двух (или более) программ. Если теория Т1, разрабатываемая в рамках некоторой программы Р1 лучше справляется с эмпирическим базисом, чем теория Т2 (из программы Р2), то теория T1 является прогрессирующей программой, а теория Т2 —регрессирующей.