Понятие научно-исследовательской программы призвано как раз уточнить представление о подобных идейных комплексах и объяснить ситуации сложных теоретико-эмпирических коллизий. Острота проблемы динамики научного познания состоит в том, что общий процесс столкновения конкурирующих концепций на первый взгляд выглядит как не поддающийся единому рациональному истолкованию. Действительно, если оказывается, что не срабатывает простое правило устранения теории при ее противоречии фактам, и если она может длительное время идти наперекор тому, что показывают данные эмпирических проверок, то каковы же тогда реальные критерии принятия или отвержения теории? Такая ситуация кажется вообще рационально неразрешимой. Для того чтобы разобраться в ней, И. Лакатос предлагает выйти за рамки измерения процесса научного познания в единицах теорий и мыслить в терминах более крупных концептуальных образований; он утверждает, что «фундаментальной единицей оценки должна быть не изолированная теория или совокупность теорий, а исследовательская программа». И. Лакатос использует развиваемый им подход, образно говоря, для восстановления законности и порядка в научной деятельности; он предлагает новый масштаб рационального истолкования хода научного познания —рациональную реконструкцию.
Приведем некоторые примеры действия научно-исследовательских программ в истории науки. Одна из самых успешных — теория тяготения Ньютона. Она первоначально разрабатывалась в окружении противоречивших ей свидетельств, в океане аномалий. Но последователи этой программы, критикуя оппозиционные теории, в рамках которых поставлялись данные наблюдений, постепенно переработали контрпримеры в подкрепляющие факты. Они настойчиво двигались вперед, несмотря на серьезные затруднения в применении этой программы. Яркий пример подобного рода приведен в книге Т. Куна: на протяжении нескольких десятилетий ученые безуспешно пытались вывести наблюдаемое движение Луны из ньютоновских законов. В общей сложности эта проблема не поддавалась решению 60 (!) лет, однако ученые продолжали упорно работать над ней, в то время как сама теория Ньютона продолжала оставаться общепринятой и не расценивалась как подлежащая пересмотру или отвержению (хотя уже и появились мнения о необходимости ее модификации). Лишь в 1750 г. А. Клеро показал, что затруднение коренилось в неправильном применении ньютоновских законов, что позволило решить проблему при сохранении исходных теоретических принципов’. Еще одним примером действенной программы может служить исследовательская микробиологическая программа Луи Пастера. Ее базисным утверждением было положение о том, что для всякого заболевания, если оно необъяснимо в терминах явных повреждений, следует искать бактериальную причину. Л. Пастер и его сотрудники развивали эту программу весьма интенсивно; в целом она оказалась вполне успешной, хотя некоторые ее направления и потерпели поражение. Среди прочих научно-исследовательских программ можно назвать также концепции эволюции, фрейдовский психоанализ, корпускулярную теорию света и многие другие.